秘书处下设三个办事机构：综合管理部、会员服务部、咨询中心，负责协会日常工作的开展。
　　综合管理部：负责协会的人事、行政、法务、IT、采购、后勤服务等日常综合管理工作；
　　会员服务部：负责会员日常关系的维护与会员数据的管理；负责新会员的发展与会费的收缴。负责联络会员单位，向会员提供各种尽可能的服务和帮助，探索新的会员服务项目；筹备组织会员大会、理事会，协助协会重要活动的组织及会务工作；
　　咨询中心：负责为协会内外企业、政府有关部门或其它单位提供生物技术行业领域经营、管理、法律等的咨询服务，负责协会培训、商务考察、会展等活动的组织开展等。
　　协会将根据运营需求下设专业委员会，负责专业事项的策划及实施，专业委员会的职权、管理办法将由各专业委员会出具细则进一步确定。